Prince of Persia 3D có bốn điểm chính yếu mà các nhà làm game giữ lại từ các phiên bản trước là chuyển động nhuần nhuyễn, các loại bẫy tinh vi, các đặc trưng của Hoàng tử và sự kết hợp giữa yếu tố hành động và phiêu lưu. Trong khi đó, điểm cải tiến quan trọng nhất là sự thay đổi từ tầm nhìn 2D sang 3D khiến người chơi có cảm giác như đang trực tiếp tham gia vào trò chơi. Việc giữ nguyên kiêu di chuyển của các nhân vật cũng như đảm bảo các thao tác điều khiển phải đơn giản, dễ dàng và trực giác là một thách thức đối với các nhà thiết kế, nhất là khi đã chuyển sang dạng 3D.[1]

Việc bố trí bẫy, cửa sập hay các lưỡi hái cũng đặt ra rất nhiều khó khăn vì trong môi trường 3D, tầm nhìn của người chơi bị giới hạn ở tầm nhìn của chính nhân vật. Trong Prince of Persia 3D, người chơi cũng sẽ nhìn thấy mọi vật qua góc nhìn của người thứ ba. Nếu ở Prince of Persia II, nhân vật của người chơi chạy dọc hành lang rồi dẫm lên một viên gạch - công tắc nào đó để mở cánh cửa ở tầng trên hoặc đá lở rơi xuống sẽ mở cửa tầng dưới... đều nằm trong tầm kiểm soát của người chơi, thì sang Prince of Persia 3D đã được các nhà làm game đưa ra giải pháp là chuyển camera đến chỗ xảy ra sự kiện hay cho xem một đoạn phim nào đó... hoặc bố trí lại các bẫy, cơ quan bí mật để đảm bảo cho người chơi có thể ghi nhận và biết những gì đã hoặc sẽ xảy ra.[1]

Xét từ góc độ nội dung thì Prince of Persia 3D là sự kết hợp giữa phiêu lưu và hành động với tỷ lệ khoảng 70/30. Khác với các phiên bản trước, ngoài thanh gươm, Hoàng tử có thêm những vũ khí khác như gậy dài, đoản đao và cả cây cung nữa. Thiền trượng thích hợp cho những cú đánh mạnh, tầm xa nhưng tốc độ chậm, đao sử dụng trong phạm vi rất gần, cung thích hợp cho những cú bắn tỉa từ rất xa nhưng nạp tên là một công việc mất thời gian và không nên sử dụng khi bị địch truy kích. Ngoài ra, cánh cung với những loại tên khác nhau còn có thể dùng để gạt công tắc hay phá các cạm bẫy nguy hiểm vốn rất nhiều trong suốt chặng đường đi tìm công chúa. Một số loại tên còn có tính năng ma thuật, chẳng hạn như Arrow of Discord (mũi tên bất hòa) khiến đối phương tự đánh lẫn nhau. Các lọ nước phép ngoài tính năng cấp thêm năng lượng và máu cho Hoàng tử, còn có thể giúp chàng thay đổi hình dạng như biến thành chim.[1]

Prince of Persia 3D có đến hơn 30 chủng loại lính gồm cả người lẫn thú đủ để người chơi thử sức. Bên cạnh đó là vô số các cạm bẫy khác nhau. Tuy có dáng vẻ bên ngoài như một chiến binh, đôi lúc người chơi điều khiển Hoàng tử sẽ phải cố gắng tránh những cuộc đụng độ không cần thiết. Thậm chí có màn Hoàng tử sẽ không có vũ khí và phải tìm cách tránh né để di chuyển sang màn tiếp theo. Mặc dù phần lớn trò chơi là tìm đường và giải đố nhưng kỹ thuật chiến đấu cũng là một phần quan trọng. Khi rút vũ khí ra, Hoàng tử chuyển sang chế độ chiến đấu, tốc độ di chuyển sẽ chậm đi, nhân vật tự động quay người đối mặt với kẻ thù. Các thao tác điều khiển sẽ rất đơn giản gồm có sang trái, sang phải, tấn công và phòng thủ. Để chiến thắng, người chơi cần chú trọng vào những thế đánh và đỡ cũng như chọn thời điểm tấn công thích hợp chứ không nên bấm phím lung tung như trong các game đánh nhau khác. Cũng sẽ có một số thế tấn công và kết thúc đặc biệt đó là những tuyệt chiêu, tuy nhiên tổ hợp phím để ra được những chiêu này sẽ không quá khó nhớ và dễ thao tác cho người chơi hơn.[1]